Công ty Cổ phần Thủy điện Bái Thượng được thành lập trên cơ sở thỏa thuận góp vốn thành lập công ty để đầu tư dự án thủy điện Bái Thượng của 03 cổ đông là: Công ty Cổ phần Đầu tư xây dựng và Phát triển Năng lượng Vinaconex; Hội Đập lớn và Phát triển Nguồn nước Việt Nam và Hội Khoa học Thủy lợi Thanh Hóa. Công ty được Sở Kế hoạch Đầu tư Thanh Hóa cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh số 2801952893 ngày 02/05/2013. Đăng ký thay đổi lần 1 ngày 06/06/2016. Hiện nay Công ty gồm 46 cổ đông (bao gồm cổ đông là tổ chức và cổ đông là cá nhân), trong đó cổ đông Công ty Cổ phần Đầu tư xây dựng và Phát triển Năng lượng Vinaconex chiếm cổ phần chi phối.